評価されない研究を続ける若き女性魔法研究者、リディア・ヴェルナー。 王国北部に突如現れた新生迷宮へ単身で入った彼女は、その最奥で、日本を再現する「葦原迷宮」の管理者・三輪直人と出会う。 直人は迷宮内で強大な管理能力を持つが、その力は未攻略の階層には届かない。リディアは彼と対等な共同探索者となり、時代ごとに一人ずつ封じられた歴史ボスを倒しながら、古墳、飛鳥、奈良、平安と続く日本の時代を解放していく。 攻略によって得られる日本の装備やスキルは、やがて大学、教会、冒険者組合、王国にも知られていく。迷宮を研究しようとする者、力を利用しようとする者、異端として恐れる者が現れ、直人とリディアは異世界の人々との交流や対立にも巻き込まれていく。 そして日本の歴史と異世界の文かや魔法が交わるなか、直人は一つの疑問を抱く。 なぜこの迷宮に封じられたボスは、皆、その時代の中央権力に逆らった者なのか。 これは、異世界の女研究者と日本史を背負う迷宮主が、歴史を攻略しながら、二つの世界をつないでいく物語である。