夢見ヶ丘学園で巻き起こったイレギュラーハンターとダークアクシズの学校大戦はダークアクシズ側の勝利に終わり多くのハンター達が再起を誓い学園から脱出する そんな中に有って夢見ヶ丘・ダークアクシズどちらにも属さない生徒達もその多くが大戦の煽りを受けて学園からの脱出を余儀なくされる そんな逃亡の最中、DNAの変異による新たな姿と戦闘能力を獲得した生徒達は突然変異型生徒であるミュータントハンターへと進化を遂げる そんな難民生徒達の間にもイレギュラーハンターへと参加を表明する者が現れる、そしてその逆もまた然り 彼女達も突然変異を遂げたボディを変化させた融合機能によりフューザーハンターへと変貌を遂げる これは次なる戦争に向けた一局面のお話しである