高校二年生の相沢透は、目立つことが苦手な、ごく普通の少年だった。 ある日の放課後、商店街の裏路地で、透は古びた木製の扉を見つける。扉の向こうにあったのは、町で起きる不思議な出来事を処理する「境界管理所」だった。 迷子になる影、夜中だけ営業する駄菓子屋、言葉を盗む黒猫、雨の日に現れる見知らぬ駅。 人間の暮らす世界と、怪異や精霊たちの世界。その境目が緩んだとき、町では奇妙な事件が起きる。透は成り行きから、境界管理人の手伝いをすることになった。