現代社会には神・邪神・悪魔・妖怪・幽霊など、無数の「神格」が実在する。その正体と危険性を見極めるのが、国家機関・神格鑑定局。『神格眼』を持つ新人鑑定士は、日々起こる怪異事件の調査・鑑定に奔走する中で、すべての事件の裏に潜む同じ紋章と、鑑定不能の存在「神格No.000」の影に近づいていく。