小学五年生の朝比奈文香（あさひなふみか）はある夜、入院中の祖父・祥太郎（しょうたろう）にこっそり呼び出され、そこで遺言を書いた手紙のありかを知らされる。
その翌日、病院から忽然と姿を消した祖父。
大騒動になるなか、祖父失踪のカギがそこにあると思った文香は、隠された手紙を見つけ、開く。
そこに入っていた鈍色のカギと、意味深な文章。
手がかりを探るべく小学校に登校した文香は、祖父が学校に寄贈した本の前に立つ。
その途端、光りだすカギと本。
そして文香は導かれるままに本の世界に入るのだった……。