夏休み、父とヨットで瀬戸内海を巡っていた中学生・佐倉準は、海底から響く三度の鐘とともに、海の底に現れた巨大な門へ呑み込まれる。 目を覚ました先は、空に瀬戸内海が逆さまに浮かぶ異界《アルカ》。しかも、父はなぜか蒼いカラスの姿になっていた。 怪物に襲われた準を救ったのは、少女・ナギア。彼女によれば、父を人間へ戻すには、散らばる聖遺物を集めなければならないという。 過去の後悔から、誰かへ手を伸ばすことを恐れてきた準。しかし、異界をナギアと旅するなかで、彼は少しずつ前へ進み始める。 父を取り戻し、元の世界へ帰るために。 そして今度こそ、大切な誰かの手を離さないために。 空に瀬戸内海が浮かぶ異界を巡る、少年と少女のひと夏の冒険が始まる。