黒瀬祈莉との戦いを終え、ようやく平穏を取り戻した神一郎たち。 しかし、その日常は長くは続かなかった。 騎士団本部で父・藤崎総一郎と母・沙耶の過去を知った神一郎は、直後に発生した奇妙な事件へ向かうことになる。 騎士として登録されていないはずの一般人が、熟練の騎士たちを圧倒する――。 その身体に埋め込まれていたのは、魔力を持たない人間へ無理やり力を与える禁断の技術、《人工魔力核》。 やがて調査を進める神一郎と椎菜は、人造騎士計画という巨大な陰謀へ辿り着く。 一方、人間界では奈々が一人の少女・篠宮灯里と出会う。 普通の女子高生として笑い合う二人。 しかし灯里は、人造騎士計画唯一の完成体候補として奈々を監視するため送り込まれた少女だった。 同じように”与えられた力”を持ちながらも、 「私たちは違う」 と語る奈々。 命を救うために託された力と、人を兵器へ変えるために与えられた力。 二つの”与えられた力”が交わる時、神一郎たちは「騎士とは何か」という答えのない問いへ向き合うことになる。 これは、力を与えられた者たちが、自分自身の生き方を選ぶ物語。