悠木乃愛（ゆうき　のあ）は共学進学校、聖アイリス学園の中学一年に特待生として入学した。特待生は生徒会に属し、学園を守るガーディアンとなる義務がある。 　乃愛がアイリスに入ったのは、ミッション系には珍しい茶室があり、そこのステンドグラスを直に見たかったからだ。だが入学後、ステンドグラスは外されて今は見れないらしい。学園にはいくつかの謎があり、それは暗号文によって示されている。さらに学園創設者アイリスの親戚だという怪盗、ユーリが学園に挑戦状を送りつける。「俺たちより先にこの謎を解け、じゃないと、隠された宝はいただく」。乃愛たち生徒会はユーリより先に謎を解けるのか？そしてステンドグラスはどこに？