『暗号は日曜に解け』で見事に難解な暗号を解読した３人の新しい挑戦がはじまった。
高校生限定のゲーム「ミステリー甲子園」が今年も開催されることになった。
難解な暗号を見事に解読した３人はそのクイズゲームに挑戦することに決めたのだが、規定では高校生４人までとなっている。
そこで祐介の友人であるノブオが急遽参戦することになった。
果たして裕介たちはどんな成績を勝ち取れるのか・・・