20xx年。人類は巨大な蟲に平和を脅かされていた。 　人類は、使用者の思いの強さに応じてイメージを具現化する「思考兵器」を発明し、蟲に対抗する。 　しかしその使い手は限られ、人類は救世主と呼ばれる少女・宮条新華に頼った綱渡りの戦いを続けていた。 　新華の幼馴染である根島才人は、かつて天才と呼ばれながらも、トラウマにより蟲と戦えない。 　そこで感情を持ったＡＩ・リリを生み出し、自らの代わりに彼女に思考兵器を持たせた。 　才人が目指すのは、リリと二人で新たな人類の救世主となり、新華を戦いの場から遠ざけること。 　しかし、感情を持ったリリは才人の想像を超えていって……？