「ゾディアクス」と名付けられた機械生命体が宇宙から飛来し、人類を脅かしている世界。 主人公の星鞍マリは戦死した父・センリの後を継ぎ、ゾディアクスに対抗する兵器「イドラ」のパイロットとなる。 初陣で腕利きの整備士・雲飼ナズマと出会ったマリは、自分が人類の希望たる「革命種」である可能性を知らされる。 父の仇を討つため、意識不明の母を救うため、マリは自らに眠る「革命種」の力を覚醒させ、ナズマ達と共に宇宙を目指し成長していく。