森の外れで薬師として暮らす《善き魔女》レフィルは、財産目当てに襲ってきた悪徳騎士ルークスを、動物実験もしてない試作の薬で幼女の姿に変えてしまう。 元に戻そうとするものの、彼の身体に刻まれた謎の刻印が変化を固定していた。 さらに討伐隊が迫り、二人はともに陰謀の駒にされていたことを知る。 幼女好きの危険な魔女と、悪人だが誇りを捨てていない幼女騎士。 最悪の出会いをした二人は、互いに言い合いながら、刻印の謎と冤罪の闇を追う逃亡の旅へと出る。