ナツキは大浦ノ社小学校に通う五年生。鳥が大好きで、いつかその言葉を理解したいと願っている。
　ある日、学校の創立記念日で掘り出されたタイムカプセルから、光を放つ不思議な玉“クリスタル”が見つかる。そこには敵のカラスから逃げてきた小鳥たちが入り込んでしまっていた。
　ところが玉は、突然現れた少女シロベルに奪われてしまう。
　シロベルの親戚だという六年生の鷹司は、この玉は鷹匠だった祖父が、子どもの頃に教会からもらった物で、小鳥たちを呼び戻すには、みんなで“同じ時間に同じ夢”を見て、外の世界の楽しさを伝えなければならないと語った。
　ナツキはフユキ、同級生で優等生のうさぎさん、メモ魔のハジメと挑戦するが失敗。悩んだ末に思いついたのは、自分たちそっくりの手人形（ハンドパペット）を使った人形劇だった——。