原因不明の病で身体を動かせないまま死を迎えた二十八歳の神代レン。次に目を覚ましたのは、壊れた宇宙船と旧型機械が積み上がる西暦3128年の廃棄惑星《ラスト・ナイン》だった。 人間の身体を取り戻したレンは、襲い来る自律解体機から逃げる中、壊れた作業ロボットに触れ、アンドロイドの意思・記憶・感情の流れをつなぎ直す力《SOUL REPAIR》を発現する。 やがて彼は、何者かに撃墜された名門航路家のアンドロイド令嬢レナと出会う。彼女の魂には、出生と人格を管理する組織《マーテル》が隠した人体実験《PROJECT GENESIS》の証拠が封じられていた。 恋愛も、家族になることも、子どもを持つことも審査される未来世界。修復するたび再び身体が動かなくなる恐怖に襲われながらも、レンは機械の少女たちと旧型救難船《ウェイフェアラー》に乗り込み、誰もが自分の人生を選べる世界を取り戻すため星々を巡る。 これは、捨てられた魂をつなぐ男と、管理された幸福に反逆する少女たちの物語。