どこにでもいる普通の高校生小林健二 ある日、自分の靴箱から名前が記載されていない謎の手紙を見つけた。 手紙を開き中を確認すると 「オクジョウ、デ、マッテマス」 と奇妙な一文だけが書かれていた。 ある朝、目を覚ますと街から人も動物もすべて消え、世界は完全な無人と化していた。 混乱する健二は手紙の事を思い出し、学校の屋上へ向かう。 誰もいなくなった街になぜ少女が一人だけいるのか。 少年と謎の少女が、宇宙の命運を賭けて戦うロボットSF。