午前二時十三分、東京の一角に十三分間だけ、滅びた街《消失区》が出現する。 特殊部隊《第六封鎖班》に所属する瀬名冬真は、まだ起きていない未来を読み、異形の怪物《欠落体》と戦っていた。 ある任務で彼は、二十七年後に発行された自分名義の認識票を発見する。 怪物たちが冬真を「隊長」と呼ぶ中、消失区が異世界ではなく、何者かに捨てられた未来である可能性が浮かび上がる。 忘れられた仲間と失われた記憶を追い、冬真は午前二時十三分に隠された世界の真実へ踏み込んでいく。