時は、24世紀。 無人探査機が発見した、太陽系外に存在する39個の豊かな資源を持つ可能性のある惑星「ミステリアス・プラネッツ」の開拓に、官民が熱をあげる時代。 民間の中小企業「峰岸商事」の月分署で働く長野柳太郎は、社運をかけた有人探査事業「下町宇宙開拓団」のメンバーとして、会長選りすぐりのクルーと共に払い下げの元軍艦ヴァスコ号に乗り込み、最遠最後の惑星「ミステリアス-39」を目指す。順調かと思われた航海だったが、突如宇宙空間に現れた巨大な手によってヴァスコ号は謎の空間に引き摺り込まれてしまい、その先で不時着を余儀なくされる。 彼らがたどり着いたのは、探査機のデータにも存在しない地球型惑星。40番目の未知惑星「ミステリアス-40」と名付け、柳太郎らは地球に帰還する方法を探し始めるが、この星には多くの出会いと、大いなる陰謀が待ち受けていた……。