地表の７割を海洋が占める水の惑星に突如謎の海洋勢力『セイレーン』が出現し、人類は９割の制海権を失った。 　これを受け、『ロイヤル』『ユニオン』『重桜』『鉄血』の４勢力は勢力間の問題を棚に上げ、軍事連合『アズールレーン』を結成し、反抗を開始した。 　やがて人類は制海権を取り戻したがセイレーンを完全に撃滅することは出来ず、アズールレーンはその後の方針を巡って勢力間で意見が対立した。 　曰く「人類の力のみでセイレーンを駆逐する」か、「毒を以て毒を制す」か──。 　意見対立の果てに重桜と鉄血はアズールレーンを離反し、独自の軍事連合『レッドアクシズ』を結成。対立する両陣営は、やがて「人類の未来」という道筋を巡って武力衝突へと至った。 　一方、セイレーンは「本来の目的」を果たすべく暗躍を開始。人類の運命はますます混迷を深めていくのだった……。