​皇紀六百四十五年。高天原の統治システムが支配する地上に、常人の倍の質量を持つ異形の皇子・オウスが誕生した。武芸に長け、人智を超えた怪力で山海の主を圧壊させる彼だったが、その身に宿る力こそ、かつて天に抗ったまつろわぬ星神「天津甕星」の生まれ変わりのコードであった。 時が流れ皇紀七百年、平穏な都を揺るがす悲劇が起きる。オウスの双子の兄・大アウスが、都を騒がせる謎の不連続体「魑魅魍魎（バグ）」によって無残に暗殺されたのだ。公式記録の隠蔽を破り、自ら都の闇へ潜ったオウスは、兄を弑した怪異が「二丈の黒髪と裂けた大口」を持つ最上位のバグであることを突き止める。 時を同じくして、オウスの側近であり、幼少期に同じ怪異に両親を殺された規格外の相棒・キビツヒコが立ち上がる。共通の仇、そして世界のシステムを揺るがす巨大なバグを調伏するため、二人の若き英雄は夜の都へと出撃する。血の復讐劇の幕が上がり「神殺し」の第二幕が今、始まる――！