突然ダンジョンの管理者になった大学生二年生の横井玲央。 ダンジョン管理者はダンジョンの側にいなくてはいけないダンジョン管理者法によって二年の猶予がある停学か今までの金額を返金される退学かのどちらかを選択することに。 受け継いだダンジョンは素材が取れずモンスターが強いと言う超ハズレダンジョンだった。 大学を退学した玲央はダンジョンへと足を踏み入れた瞬間に得たスキル【ダンジョンテイマー】の力を使いダンジョンを成長させていく。