とある大災害が起きてから八百年後の世界。 田舎で友人たちと元気に育った少女──ミツハは魔物を倒したことで、自分が『魔法少女』であったことを知ってしまった！ それをきっかけに魔法少女の為の学校へと入学することになってしまう！ そしてなんと、その学校は二人一部屋の全寮制。同級生の中でも一番の問題児と同室になってしまい……？！