鉱山を所有するベルクシュタイン伯爵家の長男、レオンハルト・フォン・ベルクシュタインは、五歳の誕生日に前世の記憶を取り戻した。 前世の彼は、日本で宝石鑑定士と鉱物研究者を兼任していた男だった。 異世界の宝石や魔石へ興味を持ったレオンハルトは、固有スキル《結晶創造》を使い、低品質な鉱石から高純度の魔石を作れるようになる。 しかし、ベルクシュタイン伯爵家が求めていたのは、武器、爆弾、攻撃魔道具を作る軍事錬金術師だった。 生活を豊かにする結晶ばかり研究するレオンハルトは、 「宝石遊びしかできない軟弱者」 「戦場では何の役にも立たない無能」 と見下される。 やがて主力鉱山で崩落事故が発生。 弟ディートリヒと鉱山長ブルクハルトの偽証により、事故の責任を押しつけられたレオンハルトは廃嫡される。 追放先として与えられたのは、魔石を採り尽くしたとされる廃鉱山と、貧しい村だけ。 だが、その廃鉱山には、従来の錬金術師には利用できない低純度鉱石が大量に残されていた。 レオンハルトは仲間たちとともに、捨てられた石から生活用魔石を作り、やがて大陸最大の魔石国家を築いていく。