西暦2050年某日、大阪府内の空に突如巨大なひび割れが複数の地点で発生し、その内側から怪物、魔獣が現れた。魔獣の使う魔法の前に自衛隊は苦戦を強いられ、甚大な被害を受けてしまう。 そんな中、偶然にも魔獣の血を取り込んでしまった少年が、その魔獣の血の影響により魔法を手に入れる。日本はその少年の血液や遺伝子、細胞の構造等を解析し、魔法を発現させる技術を開発する。(本編の主な舞台はその10年後) 西暦2060年。日本は魔獣への対抗を目的として、魔法が使える者たち、魔法使(まほうし)たちによって構成された「魔法術自衛隊」を設置した。 そして、魔獣の血によって最初に魔法を手に入れた少年もまた、この魔法術自衛隊に在籍していた。他の者よりも早く魔法を使えるようになっていた少年は、現代最強の魔法使と呼ばれ、魔法術自衛隊の総隊長を務めていた。魔獣が発生した際は彼が最前線で戦うことになっているのだが、彼はまだ高校生であり、どうやら本人曰く「青春で忙しい」らしく・・・・・・。