西暦二〇四六年、戦争で撒かれた断光粒子が地球を覆い尽くして地球は氷河期に突入。全世界が氷雪に覆われた。主人公・伴里仁は、両親が行方不明となったために妹と二人で暮らしていた。ある日、豪雪の警報を聞いた仁は妹を引き連れ避難シェルターである東京ドームへ向かったのだが、どういうわけか自衛隊が封鎖しており銃器を所持していた。 突然吹雪きの中から現れたのは三つ首の怪物――仁は妹を庇って襲われてしまい、瀕死の重傷を負う。東京ドームの中に搬送され、白衣を着た者の問いに必死で頷いているとカプセル型の機械に入れられた。 その機械の中で眠りに就く仁。目覚めると、獣耳と尻尾を生やした少女が立っていた。 彼女の懇願を受け、彼女の言葉を繰り返す。そのキーワードは彼女を支配し奴隷にするものだった。話を聞くと、獣耳を生やした彼女――ミコナは『亜人』という人工生命体で、地球のテラフォーミングを目的に作られた存在だという。目覚めの時に持っていた機械――『隷属機』を使って、人間は亜人を好きなように操れるらしく、しかしそれとはまた別に、隷属下にある亜人の傷を癒す治癒魔法を施すこともできるということだった。 死にたくなければ言う通りにその力を使え、という要望に従わざるを得ない仁。しかし徐々にミコナや街の事情を知っていくうちに『協力』の意味が変わっていく。 これは伴里仁が奴隷のミコナと絆を深め、この時代に目覚めた意味、そして自身の身体に施された秘密に迫る物語――