元は南国の小さな島国の守護神だったフィラは、某一神教によって異教の邪神とされ地獄にある魔界都市ゴゴモラの闘技場で奴隷魔獣として闘いの日々を送っていたが、彼女の島を巡る開発計画のとばっちりで遺跡の封印が壊され、島に封じていた巨大海魔「ラディカカ」が解放されてしまう。異教の怪物を再び封じるべく派遣された猫型天使ビーナの導きで地上へと戻ったフィラは、だがラディカカ封じの決め手となる「神帯槍」のほとんどをゴゴモラの闘技場で使い果たしていた。残る手段はフィラ自ら槍の代わりとなって人に使われること。そしてその資質を持つ人間としてビーナに目をつけられたのは、生まれてからずっと眠り続けている少女真衣子を妹に持つ高校生、真紀織（まきお）。フィラたちの説得によって最後はラディカカ退治を引き受け、フィラと魂を交換してその体を得るも、ゴゴモラでフィラの「主人」だった悪魔リリスペインに邪魔されたり、一緒に真衣子の世話をしている幼馴染の皆人（みなと）を巻き込んでしまったりと問題は尽きず、その間にもラディカカはフィラ＝真紀織のいる日本／東京へと迫っていた。一方交差する駅舎が巨大な十字を描く秋葉原駅をその決戦の場として準備を進めるビーナ達。だが米軍介入などの影響で逆にラディカカの侵攻が早まり、真紀織達は準備不足のままラディカカと対峙するはめになる。バチカン経由で関連情報を伝えられた米軍や自衛隊の「時間稼ぎ」の間に立てた代案も失敗に終わるが、真紀織や真衣子が宿す「魂」の真実を利用してフィラ達の邪魔をしようとして、逆に協力する羽目になったリリスペインの力添えもあって、最後にはラディカカ再封印に成功する。その中で自らの体を失いかけたものの一時的に真衣子の体に宿り消滅を免れたリリスペインや、南国の神さまに返り咲いたフィラ、そのフィラに信者認定されてしまった皆人たちと共に、真紀織の新たな日々が始まるのだった。