舞台はこの地球に出来た一つの島。 この世を覆うのは『灰色の雲』。（グレイクラウド） その上にそびえる『空の城』。（スカイピリス） 灰色の雲は地上の世界と空の上の世界を分ける境界線となっている。世界を分つこれらを作ったのは天才科学者の【マグネ・ゲイルウォード】。天才は凡人と同じ地に立つ事を拒み、同じ血が流れる事を悔やんだ。そして、世界を再創造を企てる。全ての凡人の血を絶やし、綺麗な世界を造ろうと。 青い空も満天の星空も見たことない主人公【アルト・リーフ】。アルトは島にある剣術学校に通い剣術について学び、歴史を学び、グレイクラウドについて学ぶ。そんな学校生活を送るアルトらの前に現れたゲイルウォード。教科書にも載る天才を前にアルトは何も出来ず自分の非力さを痛感した。そしてより力を欲した。そして青い空を見たいと思った。 そんなアルトの六年間の学校生活を描いた物語。