「システムエラーを確認。──これより、地獄のコードを書き換える」 前世の天才ＳＥ（システムエンジニア）の記憶を持ったまま、霊術が支配する和風ファンタジー国家『日ノ本』に転生したコウスケ。 だが彼が目覚めたのは、一強を誇っていた「東都」の政権が、非道な人工能力者の開発を繰り返す地下実験所の底だった。 過酷な調整に耐え続ける日々の中、実験所を襲った突如の大爆破。 混乱の最中、四国の新政権が放った闇組織『八咫烏』に最愛の姉・シオンを強奪される間際、彼女は絶望の炎の中で叫んだ。 ──『コウスケ、ユアを頼んだ……っ！ 絶対に生きて……！ 私、待ってるから！ 絶対に、あの学園で会おうね！！』 それから２年。 崩落した地獄の跡地（奈落）の最奥で、コウスケは牙を研ぎ続けていた。 前世のスキルを応用した【魔術ハッキング】で実験所のシステムを完全に掌握し、不動明王の血を引く最強の泥人形（ホムンクルス）の少女・アキ、そして強大な異能を秘めた実の妹・ユアを従え、反撃の機会を窺う。 すべては、シオンとの約束を果たすため。 親の都合、そして『政治の天秤』の都合で自分たちを処分しようとした世界へと反逆するために。 そんなある日、国が封鎖した禁足地（実験所跡）の財宝を狙い、何も知らない傲慢な西都の底辺貴族が奈落へと足を踏み入れてくる。 外界の最新情勢、そして姉たちの行方を掴むため、少年は静かに罠を起動させ──。 自分たちを守って死んだ母への誓いを胸に、忌まわしい過去のすべてを爆炎で焼き尽くし、世界へ叛逆を開始する。 冷徹なる天才ＳＥの、国家ハッキング・ファンタジー、ここに開幕！