西暦二千四十四年九月、高校一年生の早乙女ナオは突然転校することになった。 転校先の石弓高校は全校の優秀な生徒を集めた実験校で、いたって平凡なナオが何故そのような高校に転校する事になったのかは本人さえも分からなかった。 転校初日石弓高校に向かうバス停で幼なじみの谷八ミズキと再会する。彼女も石弓高校の生徒ではあったが三年前のある事件以来交流が途絶えていた、しかしミズキは昔と変わらずナオと接する。ミズキと共に石弓高校に到着したナオは、その高校の奇妙さに気が付く、高い塀、沢山の実験棟、奇妙な授業科目。困惑するナオ。放課後、担任に呼び出されたナオはそこで驚愕の事実を聞かされる。半年後、地球に直径千二百百キロメートルの小惑星が衝突し、あらゆる生物が死に絶えるというのだ。そしてこの学校は小惑星衝突から人間という種を存続させるために作られたという。その計画はカタパルト計画と呼ばれていた。カタパルトと名付けられた投擲型転送装置を使って人間を他の惑星に転送するというのだ。しかもこのカタパルトには重大な欠点があり生体年齢が十八歳以下の生きている物のみ転送が可能だという。つまり大人や機械、食料などの物資をその星に全く持ち込むことは出来ない。そしてこの学校はカタパルトで転送するための人材を育成するために作られ、生徒達は半年後カタパルトで千五百光年離れた地球型惑星「ニュー地球」に転送されるというのだ。衝撃的な事実に困惑するナオであったが、三ヶ月後の核ミサイルによる小惑星の爆破作戦が成功すればその必要もなくなるという事でわずかに気持ちを落ち着かせる。それにしても平凡な自分がなぜこんな学校に転校することになったのだろうか？分からない事だらけではあったが友人に恵まれそれなりに学校生活を楽しむナオだった。 やがて学校では転送後の星での活動を助ける様々な道具の実習が始まった、有機スーツと呼ばれる生きている服もその一つで、装着した者を大幅に強化することが出来る。他にも環境調査用の小動物デコイなど奇妙な道具達の実習をした。 そして三ヶ月後、全世界人々が固唾を飲んで見守る中、ミサイルでの小惑星爆破が失敗し、世界は絶望に包まれる。街は荒れ人々は暴徒と化した。これで地球を守ろうとする全ての計画は終了し、次の段階である人類の存続のためのカタパルト計画が本格的に動き始めるのだった。