日本で暮らす平凡な高校生・天城蓮は、突如、教室でクラスメイト達と共に突如、光に包まれる。 ある者は勇者候補として召喚され、ハイスペックなステータスや希少な天職を授かる。 ある者は転生者として魔物と呼ばれる異形な種族やエルフとして転生する。 そして不幸にも蓮は転生組で生態系の最底辺に位置する「原魔核細菌（バクテリオン）」という存在だった。 ただ魔素を吸収し、分裂と増殖を繰り返すだけの極小生物。 あまりの不条理に一度は嘆くも、細菌学者の両親から叩き込まれた知識と、何をも屈しないルナティックな精神力、そして剥き出しの生存本能で生き抜く。 極限の環境下で、蓮は理不尽な世界を塗り替え、自らの理想郷を築くため、最弱の細菌が魔物の頂点へと突き進む。 これは、絶望の淵から始まる、最も小さく、最も凶悪な侵略の記録である。 ここまできたら生き残ってやる！見てろよ！