ロンドン市内の寄宿舎学校に通うシャーロット・グリーン（１６）は週末になると郊外にある王立実験植物園に行く。彼女には「月に花を咲かせる」という夢があった。地球上の植物の実態を学ぶために、他の職員と協力しながら植物園の研究者でもある叔母のミシェルの雑務補助をしている。ある時、温室内で間違えて水をかけてしまった少女が今年の植物画コンクールの大賞を最年少で受賞した日本人、御園生(みそのお)大虎(たいが)（１６）という少年であったことに驚愕する。言葉の壁もあり、なかなか打ち解られない大虎であったが、植物を仲立ちにしてぐいぐい来るシャーロットに押されて次第に心を開き始める。植物園内の森にある大銀杏「オールドライオン」に絵を見せたいという願いを叶えてくれたシャーロットに大虎は１枚の写真を見せる。そこには大虎の父親とともにシャーロットの両親も映っていた。事故死したその原因でもある「５１番目の悪魔」という菌に侵された種を巡って、シャーロットと大虎がその真相に迫るボタニカル・ミステリ！