小学六年生の鍵野あみは、パッとしない自分を変えたい、夢中になれるものを見つけたいと強く思っていた。そんなある日、あみは手芸クラブの新田針人にほつれたニットを直してもらい、恋に落ちた。新田と仲を深めるべくあみは手芸クラブに入ることを決意する。しかしそこに生徒会長のジョニィが現れ、手芸クラブをなくして家庭科クラブを作ると言い出した！　ジョニィはあみの幼なじみで、あみが手芸クラブに入ることをよく思っておらず、生徒会長権限を使ってあみに「クラブに入りたかったら自分が出す入部テストに合格しろ」と告げる。手芸初心者のあみは苦戦するものの新田のアドバイスもありなんとか合格し、無事手芸クラブに入れることに。実はジョニィは、少子化の影響でクラブが潰されていく中、生徒が手芸を続けられるように手芸クラブを家庭科クラブと合体させて守ろうとしていたのだ。そのことを知った新田はジョニィを手芸クラブの一員として迎え入れる。こうして三人での手芸クラブの活動が始まったが、三人に様々な事件が襲いかかる。まずはあみが学校で幽霊を目撃してしまい、恐怖からクラブ活動ができなくなってしまう。新田はそんなあみを救うため、幽霊の正体が建物の管理人であったことを突き止める。続いてジョニィが何者かに襲われ、ダイヤモンドのブローチを奪われてしまった。あみとジョニィが闇雲に犯人を探す中、新田は学校で飼われている老犬ジルコが犯人であると分かっていた。一方あみの恋路はというと、なかなか進展しない。演劇クラブの姫と呼ばれるソラに邪魔をされながら、あみは新田に想いを寄せ続ける。新田はあみの思いに全く気がつくことなく、編みものコンテストのための作品作りをしたり、趣味の格闘ゲームでチーターを討伐したり、その頭脳で学校で起こる様々な事件や謎を次々と解決していくのだった。