異界から現れた怪物《異獣》は、ユーラシア大陸の大部分を占領し、東では日本列島、西ではイギリス諸島を目前に侵攻を食い止められている。 海の向こうに残されたアメリカを中心とする北米圏は、人類の兵站・研究・国際指揮を担う後方中枢となり、二つの戦線を支えていた。 その東部戦線を守る異能力者を育てるため、日本に設立されたのが日の丸異能防衛学園。 世界中から集められた生徒たちは、能力と実績によって評価され、将来の国家戦力として選別されていく。 その最底辺、Dクラスに所属する水瀬創一。 これは、落ちこぼれの少年が仲間たちと学園生活を送りながら、異能の頂点へと成り上がっていく物語ではなく異能がある学園青春物語である。