人類は、空を失った。 未知の生命体《天喰い》によって地上を追われた人々は、巨大な地下都市で暮らしていた。 地上は死の世界。 空は恐怖の象徴。 そんな場所で生きる少女エソラは、地下最下層でただ明日を迎えるためだけに生きていた。 ある日、偶然迷い込んだダクトの先で、彼女は初めて「空」を見る。 そこで出会ったのは、人類が失った世界を取り戻すため戦う部隊《空狩隊》。 天喰いと呼ばれる未知の敵に立ち向かう、最強の第一部隊隊長レイ。 その姿に憧れたエソラは、空を取り戻す戦いへ身を投じる。 しかし彼女には、地下で生き延びるために身につけた異常な身体能力と、消えない過去があった。 人類が再び空を見る日は来るのか。 少女と狩人たちの、地上奪還戦が始まる。