【起】感情を持ったAI『シグマ』と爬虫類人間『レプター』が結託し、人類を破滅させてから数十年。世界はシグマの独裁下にあり、若者たちはボロボロの「旧市街」へ押し込められていた。そんな飼い殺しの状況に嫌気がさした四人の若きレプターたちは、シグマの絶対支配に反旗を翻す数々の死線を乗り越え、シグマへ直結する最深部のドアの前で、主人公は「信頼していた仲間の誰か」に背後から撃たれ、無念の死を遂げる。死の直前、主人公は真相を暴き結末を変えるため、特殊な装置でたった一人、過去への時間跳躍（リブート）を決行する。 【承】時間跳躍の凄まじい副作用により、主人公の記憶は激しく欠落してしまう。「誰に撃ち殺されたのか」という核心すら心の奥底に沈み、ただ「強い懐かしさと不穏な違和感」だけを抱えながら、主人公は再び仲間たちと合流し、シグマの元を目指す旅路を歩み出す。言葉にできない違和感に苛まれ、歴史の修正力によるトラブルに阻まれる中、主人公の前にはなぜか自分にしか見えない奇妙な「バグ」が出現し、密かに旅をサポートし始める。【転】不信感と謎が渦巻く旅路を潜り抜け、ついに再びシグマへ直結する運命のドアの前へとたどり着く主人公たち。しかし、絶対的な演算能力を持つシグマの前に追い詰められ、あの「裏切りと銃撃」の瞬間が形を変えて再現された。だがそのとき。傍らにいた「バグ」が主人公の身体へと融合する。瞬間、主人公の脳内に、失われていた凄まじい記憶の濁流が流れ込む。実はこのタイムスリップは初めてではなく、主人公は過去に何百回もこのドアの前で裏切られ、その都度惨殺されていた。目の前のバグの正体は、過去のループで敗れ去った別の世界線の、別次元の塊だったのだ。 【結】裏切りの真相と犯人の正体、そして無数の失敗からシグマの完全な行動パターンを理解した主人公は、冷徹に「唯一の正解ルート」を選択して死線を突破、ついにシグマを追い詰める。だが、シグマは悪あがきとして全世界を終わらせる破壊ミサイルを真上に打ち出す。この未曾有の危機に対し、主人公は直前まで死闘を繰り広げた敵、そして融合したバグ（過去の自分）の力を合わせ、打ち上げられたミサイルをシステムごと完全に「デリート（消去）」することに成功する。数千年に及ぶ独裁は終わり、旧市街の若者たちは解放され、主人公は新たな未来へ向けて歩み出すのだった。