昔、1人の天才帝国学院魔道士が姿を消してから数十年。帝国は発展の歩みを進めてる中、魔導テロは日に日に増えている。魔道学院に通う1人の少女、アフィリア・ローザ。彼女は学院入学のテストを主席で合格し、その才能に周りからは天才だと言われ続けていた。アフィリアはその称賛に少しばかり優越に浸りながらも更に上を目指そうと勉学に励んでいる。しかし、悪意や私利私欲、自らの信念を貫くために起こすもの達により帝国は何度もその混乱に巻き込まれる。アフィリアはその混乱に巻き込まれ世界の真実に迫っていく。