文久三年、京都。 幕末の歴史を揺るがした事件の裏では、記録に残らない忍びたちが暗躍していた。 長州藩の秘密忍者組織「獣影衆」。 対するは、新選組最強の諜報集団「監察方」。 金髪を隠して生きる少年忍者・嵐と、兄に憧れ監察方となった少年・照真。 敵として出会った二人は、激動の幕末を駆け抜ける。 正義とは何か。 守るべきものとは何か。 史実とオリジナル設定が交錯する、新選組×忍者の幕末群像活劇。