──遠くて近い未来。 気候変動を主な理由とする海面上昇により、日本は国土の大半を失いつつあった。しかし未だそれでも健在の、各種経済基盤を周辺諸国に狙われることとなり、苦境に立たされていた。 そんな中、突如として人智を超えた四柱の"御神木"が顕れる。 日本は物言わぬ"御神木"の軍事転用に現況を打破する活路を見出し、制海権の確保による実質的経済水域拡大を狙った一大国家プロジェクトを始動。 海上防衛隊主導のもと、"御神木"を機関とした4隻の"戦樹艦"が建造されようとしていた……