東京都渋谷駅上空に舞う、藤花学園。3000年の歴史を誇るとされるこの学園は卒業生のいかなる望みをも叶えてくれるという。思い思いの野望と希望を胸に教室へ足を踏み入れた新入生たち……が、一転。担任教師の羽那葉から、卒業できるのは37クラス中、最も〈花の宝石〉を集めて最後まで生き残ることのできた1クラスだけという残酷な現実を突きつけられてしまう。そんな中、圧倒的実力を持つ主人公・瑠璃悠理と幼馴染の牡丹遊華は次々と襲いかかる難局を切り抜けていって―― 　果たして悠理たちは夢を叶えることができるのか。 　――宝石ゲーム、開幕。