1990年代初頭。 突如出現した魔獣によって、日本は大きく姿を変えた。 少女と精霊の契約によって生まれた魔法少女たちは国を守るために激闘を繰り広げる。 そして魔獣の体内から採取される魔石は、新たなエネルギー資源として社会を変えていった。 そして2024年。 とある少女と精霊の契約。それはこの世界に大きな影響を及ぼす。 魔法少女制度の光と影。 そして世界の裏側で進行する何か。 これは後に「終わりの世代」と呼ばれることになる少女たちの記録である。