廃城の地下深く。 没落貴族の少年リンネーは、三百年もの間封印されていた少女を目覚めさせる。 鋼の心臓と、魔力で作られた穢れた血を持つ戦闘型ホムンクルス。かつてリンネーの一族によって生み出され、そして封じられた存在。 長い眠りの果てに記憶を失い、兵器としての型番しか持たない彼女に、リンネーは新たな名を与える。 「君は罪じゃない。だから、君自身の名前で生きてほしい」 そう願いを込めて贈られた名前は、『エリシア』。 なぜ世界は変わり果てたのか。 なぜ彼女は封印されたのか。 そして、リンネーの一族が隠した罪とは何なのか。 失われた過去と、灰に覆われた世界の真実を巡る、ホムンクルスの旅が始まる。