昭和三十一年、夏。 
十歳の長曽根哲也は、父に連れられ山間の村にある櫻木神社へ身を寄せることになる。 そこには、子どもたちが決して近づいてはならない御神木があった。 「神様じゃないよ、あれは」 巽景子の言葉をきっかけに、哲也は 神社に隠された失踪事件、 閉ざされた社務所、 そして樹の下に埋められた“何か”へ近づいていく。 夜ごと戸を叩く声。 
小指のない手形。
 社務所の奥から聞こえる音。
 そして、御神木の根元から這い出す黒い髪。 これは、神として祀られたものと、 それを見てしまった子どもたちの、六日間の記録である。