物語はSPY01（改）組織が結成されて間もない頃、組織の内部情報を外部に漏らしている者がいるという情報が入った 最高幹部ジェイソンの指令により３人のSPYが内部情報を漏らす裏切り者を突き止めることに… いったい裏切り者は誰なのか？ 組織を裏切ったのは何故か？ スパイ同士の戦いが今はじまる！