日本分裂から１０年後。日本中央海峡の中心部に建てられた人工島《追悼島》では、日本分裂１０周年式典が開かれていた。そんなとき、北海道でマグニチュード８・２の地震が発生。その数日後、地球物理学者である岸辺は、丹原が操縦する深海潜水艇で日本中央海峡に潜る。しかしその時、巨大地震が発生。海峡全体の海底が沈下を始めたのだ。 この報告を聞いた内閣総理大臣の岩谷は、この一連の出来事の調査をするために地球物理学者である岸辺を呼び出し調査を始める。そして、岸辺は日本に再び大規模な地殻変動が迫っていることを突き止める。 再び多発する巨大地震、火山の噴火が、ようやく復興した街に襲いかかる。いったい、日本の地下で何が起きているのか――。