地球温暖化によって世界の大半は海に沈んだ。 人類は巨大海上都市を建設し、滅亡を免れた。 ――だが、その繁栄を享受できる者は一握りだった。 海上都市《アーク》の外周には、都市から捨てられる廃棄物を頼りに生きる漂流スラム《ドリフト》が広がっている。 そこで暮らす少年・潮凪レンも、ゴミを拾い、仲間たちと明日を繋ぐ一人だった。 近年、世界各地では複数の海上都市が半壊し、住民だけが姿を消す不可解な事件が相次いでいた。 そしてある日、事件現場で確認された謎の人型兵士たちが、ドリフトへ侵攻する。 敵のアーク侵入を恐れた軍は、ドリフトごと殲滅を決定。 敵にも、海上都市にも見捨てられた混乱の中、レンは軍の砲撃に巻き込まれ、極秘研究サンプルと共に海へ沈む。 砕けた容器から溢れ出した未知の海洋生体因子は、瀕死のレンと融合する。 姉を奪った海は、その日、彼を選んだ。