『第ゼロ感』という超能力を巡る男子高校生の物語。人間の五感である視覚、聴覚、味覚、触覚、嗅覚。それ以外にかつて人類には第ゼロ感という原始の超常パワーを使う能力があった。人類は地球に過去二度誕生していた。現在の地球人は三代目の人類だった。そして『第ゼロ感』を使えるのは一代目の地球人（ファースト）、そして二代目の地球人（セカンド）のみで、三代目の地球人である現代人にはその能力は備わってはいなかった。 天品高校（てんぴんこうこう）に入学した主人公の福沢金児（ふくざわきんじ）は時価総額世界一の企業の御曹司。ある日、同級生のヒメーカという少女にあることを懇願される。それは金児の会社をリストラされた父親をもう一度雇ってもらえないかということだった。それを断った金児は学校の屋上でヒメーカと戦うことになってしまったが、ヒメーカはそこで『第ゼロ感』を解放した。その影響によって金児も第ゼロ感に目覚めてしまう。 第ゼロ感の使い手となってしまった金児。そんな時、ファーストと名乗る謎の人類がヒメーカの父親イソハチを誘拐した。その現場で金児はジョニーと名乗るヒメーカの叔父のような存在の男にヒメーカの素性を打ち明けられる。その話の中でファーストとはかつて地球に存在した一代目の人類であること、ヒメーカやその父親、そしてジョニーはセカンドという二代目の人類だということを金児は知った。 　後日、金児とヒメーカ、ジョニーはファーストが現れる場所を予想してイソハチ奪還を企てる。そして金児はファーストの軍人部隊のメンバーに戦いを挑んだ。金児は命を懸けたその戦いによってある運命を背負うことになる。ファーストのメンバー、そしてセカンド人のイソハチやジョニーは金児が数億年に一人生まれる伝説の『第ゼロ感の覚醒者』かもしれないことに気付いた。覚醒者はかつてファーストとセカンドを地球から滅亡させた存在だった。