忌まわしき彗星通過から3年。 「コア変異」は確実に世界に浸透していた。 キューブは希少で出現は予測できず、扱える人間も限られている。 各国政府は回収、管理を試みているが、成功しているとは到底考えられない。 ある日、ひょんなことからキューブを手に入れた九条は、 キューブを巡る様々な思惑に巻き込まれることとなる。