アクトア歴4523年、地球は謎の生物「ノヴァ」に支配され、人類の63%が犠牲となった。生き残った人類は火星「アクトア」に逃れ、月「トワール」では自我を持つアンドロイドが自治社会を築いていた。ノヴァに対抗する人類の希望、軍用戦艦「イージス」は特殊兵器の輸送任務中、空間の亀裂から現れたノヴァの襲撃を受け壊滅。唯一の生存者、16歳の少女ミーアはコールドスリープカプセルでトワールに不時着する。 トワールで人間として疎まれるミーアは、赤い装甲のアンドロイド「マークス」に救われる。人間の心を理解したいと願うマークスは、ミーアを守りながらノヴァと戦う理由を探す。イージスの残骸からは、軍とジャンク屋が謎の赤いコンテナを追うが、中身は空だった。ミーアとマークスは地球奪還を目指し旅立つが、軍の追跡とノヴァの襲撃に直面。マークスの驚異的な戦闘力で敵を退けるも、自身は損傷を重ねる。 熾烈な戦いの末、ノヴァは地球から消滅。傷ついた輸送船で地球に辿り着いたミーアは、緑が芽吹く故郷を見て希望を取り戻す。限界を迎えたマークスは崩れ落ちながら「人間になれたか」と問い、ミーアは「立派な人間よ」と答える。アクトア歴4530年、ミーアは地球復興の指導者として人間とアンドロイドの共存を目指す。マークスの遺志を胸に、彼女は星空を見上げ、新たな時代を切り開く。