主人公のユウキは、「1000円で何でもする何でも屋」として生きる身寄りのない少女だった。ある日、一人の男に雇われたことをきっかけに、裏社会の仕事を仲介する本屋の店主・マルクと出会う。ユウキは戸惑いながらも仕事をこなし、やがて優秀な何でも屋へと成長していく。 数年後、ユウキはマルクの右腕として活躍していたが、敵対組織の襲撃によってマルクを失う。残された手紙と遺志を胸に、彼女は仕事を続けながら生きていくことを決意する。 しかしその後、マルクの過去に関わる陰謀が再び動き出す。ユウキは亡き恩人のために戦いへ身を投じ、陰謀の黒幕を追い詰める。その戦いの中で、死んだはずのマルクが姿を現し、ユウキと共に最後の敵を倒す。 戦いの後、マルクは長年ユウキのために蓄えていた本来の報酬を渡し、「これからは自由に生きろ」と告げる。ユウキは夢だった自由な人生とカフェ開業という目標へ向かい、新たな一歩を踏み出すのだった。