全寮制の名門・白亜女学院。その地下二階、誰も寄りつかない「旧鑑識室」に、氷上ノアは棲んでいる。 人の感情を読むのは苦手。だが結晶を見れば、そこで何が起きたか全て分かる。物理化学の知識と観察眼だけを武器に、学院内で起きる事件――盗難、偽造、不審な事故――を、噂や憶測ではなく「再現可能な科学的証拠」だけで解き明かしていく。 そんな彼女の前に現れたのが、明るく人懐っこい転入生・天音リン。ある事件でリンの無実をノアが証明したことから、二人の奇妙な相棒関係が始まる。 だが、事件を追うたびに浮かび上がるのは、5年前に姿を消したノアの母――かつてこの学院にいたという、一人の研究者の影だった。