3390年、人類は争いという概念のない、なんとも穏やかな世界で過ごしていた。もう時期その安寧が音を立てて壊れてしまうとも知らずに… 〜3401年〜 大国エデンの上空に、突如人型をしたアンドロイドが出現。それらはエデンを亡骸にし、人々の血で染めあげた。 《Mechanical・Countermeasure・Division》 通称MCD。二度と3401年の残劇を繰り返させまいと、研究者グレン・ヴァレンシアによって3407年に設立されたオートマータ対策・研究組織。現在3425年には、戦闘員140名、研究員850名の大組織へと成長した。 これは、そんな組織へと所属するとある少女ノア・ヴァレンシアの物語である。